بالاخره قرّة العين پس از آشوب قلعهء طبرسى ، دستگير و به تهران گسيل گرديد و در خانهء شخصى به نام ميرزا محمود خان كلانتر زندانى شد و در همين خانه ببود تا زمانى كه به ناصر الدّين شاه تيراندازى شد و شاه دستور داد تا بابيان را قلع و قمع كنند . سرانجام در يك نيمه‌شب ، گماشتگان دولتى وى را از منزل كلانتر بيرون آورده و به باغ ايلخانى ( محلّ فعلى بانك ملّى مركزى تهران ) برده و او را خفه كردند درحالىكه 36 سال بيشتر نداشت و جسدش را در چاهى افكندند و آن چاه را با خاك پر كردند . درگذشتش در سال 1268 قمرى ( 1230 ش ) اتّفاق افتاد . شرارهء دل به خيالت اى نكورو ، به مدام باشد اين دل * به جمالت اى نكوخو ، به كلام باشد اين دل چه نموده‌اى به افسون ، به دل حزين پرخون * كه مسلسل از نظاره ، به هبام باشد اين دل به جمال حسن رويت ، به تتار مشك مويت * به حصار بزم كويت ، به مرام باشد اين دل چو بخوانىاش به محضر ، بَرىاش به عزّ منظر * به جلال و شوكت و فرّ ، به نظام باشد اين دل چو به جذب روى مهوش ، شده‌ام غريق آتش * نشود دگر كه سرخوش ، به غمام باشد اين دل به تلطّف و تكرّم ، به تعطّف و ترحّم * برِ ما ز ما توهّم ، كه همام باشد اين دل چه ز ماسوا برانى ، ز خودش به خود رسانى * ز بلاى خود چشانى ، به دوام باشد اين دل ز دلم شراره بارد ، كه نسب ز نار دارد * زچه‌رو ثمر نيارد ، كه به كام باشد اين دل چكامه جَذَباتِ شَوْقِكَ الْجَمَت ، بِسَلاسِلِ الْغَم وَ الْبَلا * همه عاشقان شكسته‌دل ، كه دهند جان به ره بقا اگر آن صنم ز سر ستم ، پى كُشتنم بنهد قدم * لَقَدِ اسْتَقامَ بِسَيْفِهِ ، فَلَقَدْ رَضيتُ بِما رَضى